حسب الهيكل التنظيمي فإن المكتبة الوطنية الجزائرية يسيرها المدير العام إلى جانب الأمين العام و المدير العام المساعد بالإضافة إلى المجلس العلمي، وتحتوي على 04 مديريات و 06 أقسام و 19 مصلحة، نذكرهم كالآتي:
المديريات
- مديرية التجهيز و الصيانة و الأمن تشرف على ثلاثة مصالح
- مديرية الادارة و الوسائل تشرف على ثلاثة مصالح
- مديرية الاتصال و البحث تشرف على ثلاثة دوائر
- مديرية التطوير و المعالجة و حفظ الوثائق تشرف على ثلاثة دوائر
الأقسام
- قسم البحث العلمي و المنشورات تشرف على ثلاثة مصالح
- قسم التعاون و التكوين تشرف على ثلاثة مصالح
- قسم خدمات المستفيدين تشرف على أربعة مصالح
- قسم الاستثمار البيبليوغرافي تشرف على ثلاثة مصالح
- قسم الايداع و المطبوعات تشرف على ثلاثة مصالح
- قسم الحفظ والمخطوطات تشرف على ثلاثة مصالح
